Για πρώτη φορά συναντάμε το όνομα Οθρωνός στον Ησύχιο τον 3ο π.Χ. αιώνα , το όνομα Οθωνοί στον Προκόπιο τον 6ο μ.Χ. αιώνα, αλλά και ως Θορωνός είχε αναγραφεί από τον Πλίνιο τον 10 αιώνα μ.Χ..
Υπάρχουν ισχυρισμοί ότι οι Οθωνοί ήταν ένα από σημεία που είχαν επιλεγεί στην αλυσίδα που ξεκινούσε από την Ρώμη και έφθανε στις Ανατολικές επαρχίες της Ρωμαϊκής αυτοκρατορίας, και με το άναμμα φωτιών μετέδιδαν ταχύτατα επείγοντα μηνύματα.
Σε έγγραφο του 1383 αναφέρεται ότι ο Κάρολος Γ΄ του Δυραχίου, παραχωρεί την επικαρπία των νήσων στον Κερκυραίο Θ. Σκαλίτη. Άρα κατά την εποχή εκείνη τα νησιά ήταν κατοικημένα, αφού είχαν γεωργική παραγωγή και εισοδήματα.
Ο πραγματικός όμως εποικισμός των Οθωνών άρχισε μετά την ναυμαχία της Ναυπάκτου το 1571, όταν ο Τουρκικός στόλος καταστράφηκε και οι νησιώτες άρχισαν να μετακινούνται με μεγαλύτερη ασφάλεια.

Οι Οθωνοί εποικίστηκαν κυρίως με οικογένειες που ήλθαν στο νησί από τους Παξούς αλλά και την ΄Ηπειρο. Οι κάτοικοι των Οθωνών αγωνίστηκαν με σφοδρότητα πολλές φορές κατά των πειρατών της Μπαρμπαριάς και τους Αλτζερίνους. Στο κέντρο περίπου του νησιού στο ύψωμα ‘Καλοδίκι’ και σε υψόμετρο 217 μ. υπάρχει στην περιοχή Σταυρός, ένα μνημείο, ένας κάτασπρος πέτρινος Σταυρός, για να θυμίζει ότι στο σημείο αυτό το 1537 αποβιβασθέντες στο νησί πειρατές του περιβόητου Χαιντερίν Μπαρμπαρόσα, μετά από μεγάλη μάχη έσφαξαν έναν μεγάλο αριθμό ντόπιων.